Złożona rodzina dziedziczonych genetycznie białek znajdujących się na powierzchni komórek ciała. Determinują one "zgodność" pomiędzy biorcą, a potencjalnym dawcą przeszczepu szpiku. HLA jest dziedziczone od matki i ojca, więc największa szansa znalezienia dawcy o tym samym HLA dotyczy siostry lub brata chorego i jest równa 1 do 4.